Öte yandan Kariye Camii’nin müzeye dönüştürülürken minber, vaiz kürsüsü, şamdan, kandil ve hat eserleri gibi Osmanlı eserleri kayboldu.
Restorasyon sırasında minber ve vaiz kürsüsü eski fotoğraflardan yola çıkılarak yeniden üretildi. Diğer kayıp eserlerin bulunması için çalışmalar devam ediyor.
Sanat Tarihi Uzmanı Hayri Fehmi Yılmaz, Kariye’nin Bizans ve Osmanlı dönemlerini yansıtan çok katmanlı bir anıt olduğunu ifade etti. Yılmaz, 14. yüzyılda Theodoros Metolhites tarafından yeniden inşa edilen yapının mozaik ve freskolarıyla Bizans’ın son dönemini yansıttığını belirtti.
Atik Ali Paşa’nın camiye dönüştürdüğü yapı, 19. yüzyılda da ilgili çekici bir sanat eseri olarak kabul ediliyordu. Yılmaz, müzeye dönüştürülme sırasında kaybolan eserlerin bulunmasını ve caminin tarihi atmosferine kavuşmasını umut ettiğini vurguladı.