Anayasa Mahkemesi, “Cumhurbaşkanlığı hükümet sistemi”ne uyum çerçevesinde çıkarılan 703 sayılı Kanun Hükmünde Kararname’nin (KHK) bazı maddelerini iptal etti. Yüksek mahkemenin iptal ettiği maddeler arasında rektörlerin Cumhurbaşkanı tarafından atanmasının KHK ile düzenlenmesi de yer aldı.Boğaziçi Üniversitesi’ne Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından Prof. Dr. Naci İnci’nin rektör olarak atanmasını üniversite dışından bir isim olması ve seçim yerine atama usulüyle göreve getirilmesi gerekçeleriyle protesto eden akademisyenler AYM’nin kararının ardından bir açıklama yaptı.Boğaziçi Üniversitesi Akademisyenleri imzasıyla yapılan açıklamada “2018 yılından itibaren Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle yapılan rektör atamalarının anayasaya aykırılığını tescil etmiştir” denildi.
Açıklamada şunlar kaydedildi: “Boğaziçi Üniversitesi akademisyenleri olarak Anayasa Mahkemesinin 4 Haziran 2024’de yayınlanan kararının önemine, tüm kamuoyunun dikkatini çekmek istiyoruz. Anayasa Mahkemesi, dün kamuyla paylaşılan kararıyla 2018 yılından itibaren Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle yapılan rektör atamalarının anayasaya aykırılığını tescil etmiştir. Hukukun üstünlüğü ilkesinin, demokratik teamüllerin ve akademik ahlak kurallarının gereği, bu kararla beraber gayri-meşru konumları hukuken doğrulanmış rektör ve idarecilerin istifa etmeleridir. Boğaziçi Üniversitesi akademisyenleri olarak 2021 Ocak ayından beri sürdürdüğümüz mücadelemiz ile Melih Bulu ve sonrasında onun kadrosunda yer almış Naci İnci’nin kayyım olarak atanmalarının hukuksuzluğuna işaret etmenin yanı sıra, kayyım yönetiminin üniversitemize verdiği zararların önüne geçmek için çaba harcadık. Çabamıza rağmen gayri-meşru Naci İnci yönetimi bu süreçte üniversitemize onarılması güç, yıkıcı hasarlar verdi. Artık kaybedecek zamanımızın olmadığının altını çiziyor, Naci İnci ve ekibini bu Anayasa Mahkemesi kararı üzerine derhal istifaya davet ediyoruz. Kamuoyuna saygılarımızla, bir kez daha hatırlatmak isteriz: Türkiye’de özgür, özerk, demokratik ve katılımcı ilkelere dayalı bir üniversite ideali gerçekleşene kadar, kabul Etmiyoruz, vazgeçmiyoruz.”
Boğaziçi Üniversitesi Rektörlüğü görevine Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın 1 Ocak 2021 tarihli kararnamesi ile Prof. Dr. Melih Bulu getirilmişti. Tepeden atama kararı sonrası üniversitede akademisyen ve öğrenciler tarafından aylar süren protestolar düzenlenmişti.Bulu, 7 ay görevde kaldıktan sonra 15 Temmuz’da yine bir Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle görevden alınmıştı. Yerine 21 Ağustos 2021’de yine Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle Bulu’nun yardımcısı olarak seçtiği Prof. Dr. Naci İnci atanmıştı. Akademisyenler ve öğrenciler İnci kararını da tanımadıklarını belirterek protestolarına devam etmişti. Eylemlerde çok sayıda kişi gözaltına alınmış ve tutuklanmıştı.