Yargı kariyerinde özellikle Ergenekon davası sürecindeki duruşuyla kamuoyunun dikkatini çeken Şengün, aralarında gazeteci-yazar Mustafa Balbay ve siyasetçi Tuncay Özkan’ın da bulunduğu sanıkların tutukluluğunun devamı yönündeki kararlara karşı çıkmasıyla hatırlanıyordu. Mahkeme heyetindeki muhalefet şerhleriyle tanınan Şengün, karar süreçlerinde hukuki değerlendirmeleriyle öne çıkmıştı.
Bu tutumunun ardından Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) tarafından İstanbul’daki görevinden alınarak önce Bolu’ya, ardından Düzce’ye atanmıştı. Bu gelişmeler üzerine görevinden istifa ederek emekliliğini istemişti.
