Soruşturma dosyasındaki iddialara göre; Kuşadası Belediyesi’ndeki bazı ihale ve ruhsat işlemlerinde usulsüzlük yapıldığı, bu süreçte “rüşvet” ve “irtikap” suçlarının işlendiği öne sürüldü. Emniyetteki sorgusunun ardından İstanbul’daki Çağlayan Adliyesi’ne sevk edilen Ömer Günel, savcılık ifadesinde suçlamaları reddetmesine rağmen, Sulh Ceza Hakimliği tarafından mevcut delil durumu göz önünde bulundurularak tutuklandı.
Belediye Başkanı’nın tutuklanarak cezaevine gönderilmesinin ardından gözler Ankara’ya çevrilmişti. İçişleri Bakanlığı, 5393 sayılı Belediye Kanunu’nun tanıdığı yetkiyi kullanarak, hakkındaki adli sürecin sağlıklı bir şekilde yürütülebilmesi amacıyla Ömer Günel’i geçici olarak görevden uzaklaştırdı.
