İstanbul’un fethinden bir yıl sonra, Fatih Sultan Mehmed, Bizanslı yöneticiler ve tüccarları şehre dönmeye davet etmiş, bu çağrıyı bir fermanla resmileştirerek Ortodoksların haklarını güvence altına almıştı.
Bu süreçte kurulan Fener Rum Okulu, yüzyıllar boyunca Osmanlı döneminde birçok yönetici, patrik, baş tercüman ve din görevlisi yetiştirdi. 1861 yılında klasik eğitim modeline geçilen okul, 1881’de mimar Dimadis tarafından Fener sırtlarında inşa edilen bugünkü binasında eğitim vermeye başladı.
Milli Eğitim Bakanlığı’nın yaptığı değerlendirmeye göre, 144 yıllık okul binası olası bir depremde ciddi hasar riski taşıyor. Bu nedenle okul yönetimine binanın boşaltılması için resmi uyarı gönderildi. Okul yönetimi, güçlendirme maliyetinin 10 milyon euronun üzerinde olması nedeniyle binayı restore edemeyeceklerini açıkladı. Eğitim faaliyetlerinin aksamaması için yeni bir bina arayışı sürüyor.
Arkeolog Ömer Faruk Yavaşçay, okulun tarihine ilişkin yaptığı açıklamada şunları söyledi:
“Okulumuzun geçmişi 4. yüzyıla kadar uzanıyor. Fatih Sultan Mehmed, fetihten sonra Rumları İstanbul’a davet etti ve bu okulun yeniden açılmasını sağladı. 1880’de bugünkü bina inşa edildi. Ancak yılların yorgunluğu nedeniyle bazı kısımlarda yıpranmalar var. Bakanlıktan, binanın depreme karşı dayanaksız olduğu yönünde yazı geldi. 90 gün içinde boşaltılması istendi. Restorasyon masrafı 10 milyon euronun üzerinde. Bu bütçeyi okulun karşılaması mümkün değil.”