Mikrodalganın en büyük zararı aslında cihazın kendisinden değil, içinde kullanılan kaplardan kaynaklanıyor. Plastik kaplar mikrodalgaya girdiğinde, ısınma etkisiyle plastik içindeki “BPA” ve “fitalat” gibi zararlı kimyasallar doğrudan gıdaya geçebiliyor. Bu maddelerin hormon dengesini bozabileceği ve uzun vadede kanserojen etkiler yaratabileceği belirtiliyor. Uzmanlar, mikrodalgada sadece cam veya seramik kapların kullanılmasını şiddetle öneriyor.
Hızlı pişirme yöntemi, bazı besinlerin yapısını bozabiliyor. Yapılan araştırmalar, yüksek ısıya maruz kalan sebzelerdeki B12, C vitamini ve bazı antioksidanların mikrodalgada daha hızlı parçalanabildiğini gösteriyor. Özellikle anne sütünün mikrodalgada ısıtılması, içindeki koruyucu antikorların yok olmasına neden olduğu için kesinlikle tavsiye edilmiyor.
Mikrodalga fırınlar, iyonize olmayan düşük frekanslı radyasyon kullanarak çalışır. Cihazın kapağı tam kapalı ve gövdesi hasarsız olduğu sürece dışarıya radyasyon sızması neredeyse imkansızdır. Ancak kapak contaları eskimiş veya darbe almış cihazlar, çevreye elektromanyetik dalga yayarak risk oluşturabilir. Bu nedenle eskiyen veya hasarlı cihazların kullanılmaması büyük önem taşıyor.
Mikrodalgalar gıdayı her zaman eşit şekilde ısıtmayabilir; bu durum “soğuk noktalar” oluşmasına neden olur. Eğer ısıtılan gıdada zararlı bakteriler varsa, yeterince ısınmayan bu bölgelerde bakteriler canlı kalarak gıda zehirlenmesine yol açabilir. Bu riski önlemek için ısıtma işlemi sırasında yemeği en az bir kez karıştırmak ve her yerinin eşit ısındığından emin olmak gerekiyor.