Caminin son restorasyonu 2016 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından yapıldı. Tarihçi Zafer Bilgi, plastik pencerelerin tarihi yapının estetiğine zarar verdiğini belirtti. Bilgi, caminin pencerelerine uygun malzemelerle estetik kaygıyla restorasyon yapılmasının gerektiğini vurguladı. Camii, 1585 yılında inşa edilmiş olup, daha önce 1743, 1938 ve 1982 yıllarında tadilat geçirmişti.
Son restorasyonda, külliyedeki bazı pencere ve türbe pencereleri ahşap malzemeyle uygun hale getirilirken, PVC pencereler ise dikkat çekti. Fatih Belediyesi, Mehmed Ağa Çeşmesi’nde bu yıl restorasyon çalışmalarına devam ediyor. Bilgi, bu tür müdahalelerin modern dünyanın kadim kültürle uyumsuz olduğunu ve bu konudaki sorunların kamuoyuna duyurulması gerektiğini ifade etti.
