Özdemir’in seçim sonrası parti teşkilatlarıyla uyum sorunu yaşadığı iddia edildi.
9 Mayıs’ta İYİ Parti Genel Başkanı seçilen Müsavat Dervişoğlu’na hayırlı olsun ziyareti gerçekleştiren Özdemir, “En önemli ve en başta tebriğimiz Sayın Genel Başkanımız Müsavat Dervişoğlu’na Sayın Dervişoğlu bizim için çok kıymetli, değerli isimdir. İYİ Parti camiasına, Türkiye’ye ve Türk milletine hayırlı olsun. Türkiye’nin meseleleri noktasında önemli hizmetlerde bulunan Sayın Genel Başkanımızı tebrik ediyorum, hayırlı olsun. Bilgisi, birikimi, tecrübesiyle, bu görevi layıkıyla yapacağına da yürekten inanıyorum, başarılar diliyorum” ifadelerini kullanmıştı.
İYİ Parti’den geçtiğimiz günlerde de Antalya Milletvekili Aykut Kaya, istifa etmişti. Kaya’nın istifasının ardından partinin Meclis’teki vekil sayısı 36’ya gerilemişti.