Akşener, 1996 ile 1997 yılları arasında Necmettin Erbakan tarafından kurulan koalisyon hükûmetinde İçişleri Bakanı olarak görev yaptı. 4 Temmuz 2001 tarihinde DYP’den istifa etti.Kapatma davası açılan Erbakan’ın Fazilet Partisi’nden ayrılan ve kendilerine “Yenilikçiler” olarak tanımlayan Abdullah Gül ve Recep Tayyip Erdoğan, Bülent Arınç gibi isimlerle Abdullah Gül ve arkadaşlarıyla hareket ettiğini duyurdu. Ancak kısa bir süre sonra Yenilikçilerin “Millî Görüş” çizgisini sürdürdükleri gerekçesiyle ayrılıp 3 Kasım 2001 tarihinde MHP’ye katıldı. 19 Kasım 2006 tarihli MHP 8. Olağan Büyük Kurultayında MYK üyeliğine seçilen Akşener, 2007, 2011 ve Haziran 2015 tarihinde yapılan Genel seçimde MHP İstanbul Milletvekili seçildi.1 Kasım 2015 genel seçimlerinde ise aday gösterilmedi.Akşener’in ismi TBMM Başkanlığı ile anıldığı için Bahçeli tarafından aday gösterildiği iddia edilmişti.
Kasım 2015 genel seçimlerinde MHP’nin oy kaybederek mecliste temsil edilen dördüncü parti olması üzerine basın toplantısıyla kurultay talebinde bulundu. Toplantıda “Üzerime düşen her görevi yapmaya hazırım.” diye açıklama yaptı ve MHP olağanüstü 15 Mayıs’ta yapılacak olan Olağanüstü Kurultay’da Genel Başkan adayı olduğunu duyurdu.
Muhaliflerin çağrısıyla 19 Haziran 2016’da düzenlen Olağanüstü Tüzük Kurultayı Ankara 3. Asliye Hukuk Mahkemesinin verdiği kararla iptal edildi. Eğer kurultayda alınan kararlar ipat edilmeseydi 18 Mart 2018 de kurultay yapılacaktı.MHP yönetimi 8 Eylül 2016 tarihinde potansiyel genel Başkan adayları Ümit Özdağ, Sinan Oğan ve Meral Akşener’i partiden ihraç etti.
19 Haziran 2016 tarihinde Ankara Nöbetçi Asliye Hukuk Mahkemesine başvurarak, partiden ihraç kararına ihtiyati tedbir konulmasını istedi. MHP’nin ihraç kararına açmış olduğu iptal davası, 15 Aralık 2016 tarihinde Ankara 6. Asliye Hukuk Mahkemesi tarafından reddedildi ve bu kararla partiden ihracı kesinleşti. Akşener’le birlikte ihraç edilenlerle istifa edenler 25 Ekim 2017 tarihinde İYİ Parti’yi kurdu. 2018 Türkiye cumhurbaşkanlığı seçiminde partisinin Cumhurbaşkanı adayı oldu ve seçimde 7.29 oy alabildi.
Yurt genelinde partisini örgütlemesine rağmen seçime girmesi engelleneceği tartışılan İYİ Parti mevcut 5 milletvekiline ilaveten CHP’den gelen 15 milletvekili ile TBMM’de grup kurdu böylece seçime girmeyi garantiledi.
Akşener ve İYİ Parti yönetimi CHP ile yerel seçimde işbirliği yapma kararı aldı.Yapılan iş birliği protokolünce CHP İstanbul, Ankara, İzmir, Antalya, Adana, Muğla, Aydın, Tekirdağ ve Hatay’da aday gösterdi. İYİ Parti ise Konya, Denizli, Balıkesir, Gaziantep, Trabzon, Samsun ve Sakarya’da aday gösterdi.
İYİ Parti yapılan seçimlerde büyükşehir ve il belediyesi kazanamadı fakat oy oranı ile üçüncü parti oldu. Bununla birlikte oluşturulan iş birliğinin etkisiyle uzun yıllardır AK Parti ve MHP’nin yönetiminde olan İstanbul, Ankara, Adana, Bolu, Antalya, Mersin, Bilecik, Artvin, Ardahan ve Kırşehir gibi illeri CHP kazandı.
Akşener 2023 Cumhurbaşkanlığı seçimlerine, Cumhuriyet Halk Partisi, DEVA, Gelecek, Saadet ve Demokrat Parti ile Millet İttifakını oluşturdu. Uzun toplantılar sonunda 6 masa parlamenter sistemin güçlendirilmesi kararı aldı. 2000 maddelik mutabakat metni hazırlandı.Kemal Kılıçdaroğlu’nun adaylığına karşı çıkan Akşener; Mansur Yavaş veya Ekrem İmamoğlu’nun aday gösterilmesini istedi. Talebi masada kabul edilmeyince “kıskaca alındığını, dayatmaya maruz kaldığını ve Türk Milletinin ölümle sıtma arasında bir tercihe zorlandığını” belirtip masadan ayrıldı.
